Примерно у каждого 20 пациента с немелкоклеточной карциномой легкого (НМРЛ) есть хромосомные аберрации, нацеленные на ген киназы анапластической лимфомы (ALK). Это имеет серьезные последствия для лечения, поскольку эти пациенты очень чувствительны к ингибиторам ALK-специфической киназы, таким как кризотиниб. Однако современные диагностические тесты имеют ограничения. Исследователи разработали и протестировали новый многообещающий метод скрининга слияний ALK при НМРЛ. Этот новый диагностический тест предлагает экономичную и простую в выполнении альтернативу существующим тестам. Исследование опубликовано в Журнале молекулярной диагностики.
Кризотиниб – это ингибитор протеинтирозинкиназы, одобренный FDA для лечения местнораспространенного или метастатического ALK-положительного НМРЛ, обнаруженного с помощью теста, одобренного FDA, и проходит клинические испытания фазы III. Для клинического успеха ингибиторов ALK очень важно определить пациентов, которые, скорее всего, получат пользу от ингибирования ALK. В последних рекомендациях по клинической практике в онкологии Национальной комплексной онкологической сети (NCCN) теперь рекомендуется предварительный скрининг ALK для всех пациентов с НМРЛ.
В настоящее время существует несколько клинически подтвержденных методологий для обнаружения слияний ALK, включая флуоресцентную гибридизацию in situ (FISH), иммуногистохимию (IHC) и полимеразную цепную реакцию с обратной транскрипцией (RT-PCR). В клинических испытаниях, ориентированных на кризотиниб, в настоящее время используется тест на основе FISH, который недавно был одобрен FDA в качестве стандартного сопутствующего диагностического теста для кризотиниба. Однако он сложен и имеет значительные ограничения с точки зрения стоимости и пропускной способности, что затрудняет обследование большого количества пациентов.
"Анализ FISH прошел обширную валидацию в клинических условиях и в настоящее время является золотым стандартом для обнаружения слияния ALK," говорят ведущие исследователи Донг-Ван Ким, доктор медицинских наук, Госпиталь Сеульского национального университета, Сеул, Южная Корея, и Мао Мао, доктор медицины, доктор философии, Pfizer Oncology, Калифорния. "Однако недостаток этого диагностического теста заключается в том, что сигнал может быть неуловимым и, следовательно, его трудно интерпретировать, что требует специальных технических знаний. Это также значительно дороже по сравнению с ИГХ и ОТ-ПЦР."
На ранней стадии исследования кризотиниба около 1500 пациентов прошли скрининг с помощью FISH для выявления 82 ALK-положительных пациентов. Большое количество пациентов, подходящих для прохождения скрининга, подчеркивает необходимость высокопроизводительного и экономичного метода скрининга. "Таким образом, оптимальный анализ должен быть не только чувствительным и специфичным, но и экономичным, простым в выполнении, предпочтительно автоматизированным и легко адаптируемым к рабочим процессам лабораторий клинической службы," продолжают исследователи.
Чтобы изучить альтернативные методы скрининга для обнаружения слияний ALK, они разработали новый метод обнаружения слияния ALK путем прямого мультиплексированного профилирования транскриптов с использованием платформы экспрессии генов от NanoString. Они протестировали свой анализ на 66 архивных образцах НМРЛ, которые были независимо протестированы методами FISH и IHC с точки зрения чувствительности, специфичности, воспроизводимости и соответствия предыдущим FISH и IHC.
Результаты были в высокой степени согласованы с предыдущими результатами, полученными FISH и IHC, и исследователи смогли успешно обнаружить низкоуровневые транскрипты слияния ALK в образцах с низким содержанием опухолевых клеток. Все образцы, которые, как предполагалось, были положительными в анализе, положительно реагировали на кризотиниб.
"Хотя для использования этого анализа в клинической практике необходимы дальнейшие испытания на выборке большего размера, мы продемонстрировали, что он предлагает экономичную, простую в выполнении, высокопроизводительную и совместимую с FFPE альтернативу скрининга для обнаружения слияний ALK," заключают следователи.