HINXTON, U.K. – В то время как две соперничающих группы с далека собственные версии генома человека в феврале, любой кинул вызов качеству достигнутых результатов друг друга. Сейчас, первое формальное сравнение публичных и частных карт генома подтверждает тот факт, что существуют вправду значительные различия – и предполагает, что менее широкая версия, произведенная Геномикой Celera Роквилля, Мэриленд, более правильна.
На Конференции по Информатике Генома тут 9 августа, Колин Семпл, глава биоинформатики в Людской Отделении Генетики Совета по медицинским изучениям в Эдинбурге, обрисовал анализ протяжения с 6.9 мегаосновами хромосомы 4 (4p15.3 к p16.1), регион, вовлеченный в биполярное нарушение. Регион – по крайней мере 96% из него – были упорядочены независимо Кэти Эванс и ее группой в Эдинбургском университете посредством основанного на карте способа.
Бригада Семпла сравнила последовательности, изданные Геномикой Celera и публично финансируемым проектом генома человека (HGP), посредством данных бригады Эванса в качестве критерия. Противоречащий предположению, подход Селерой ломки целого генома в случайные фрагменты для упорядочивания лучших данных, к каким приводят, чем направленный на карту подход употребляется HGP. Для этого последовательности ДНК Celera сделал в два раза меньше «misassemblies» – помещение фрагмента в неправильном заказе либо щелкания им – как публичное упрочнение сделало, регистрируя 2.08 misassemblies за мегаоснову.Но бригада Семпла отыскала, что протяжение Celera все еще полно отверстий: Celera упорядочил лишь 23% региона, тогда как HGP руководил 59%.
Семпл отмечает, что его несколько проанализировала эти, которые были общедоступны с 1 сентября 2000, так, обе последовательности, без сомнений, полировались с того времени. И это неизвестно, могут ли степени точности в этой хромосоме 4 региона экстраполироваться к вторым регионам.Представление Семпла позвало страно мелкую злобу. Вправду, последствия сравнительного изучения зависят от точки зрения. «Это – вопрос того, хотите ли Вы Havarti либо швейцарский сыр.
Публичное собрание не имеет этого многими отверстиями, но отверстия, которые оно вправду имеет, намного больше», говорит Джим Кент из Калифорнийского университета, Санта-Круз, создатель компьютерной программы, применяемой для начального собрания последовательности генома HGP. Кент говорит, что ученые, разглядывающие подписку на базу данных Селеры, должны сперва изучить регион интереса к публичной базе данных: «В случае если это в добром состоянии, потом похвалите лорда, они только что сэкономили себе 20 000$».