ОБНОВЛЕННЫЙ: геном рака вопросов о скептике проекты

проект

Питаемый сотнями миллионов долларов гранта, биомедицинские исследователи начали упорядочивать геномы тысяч образцов опухоли за прошлые пару лет, соединив множество лабораторий и упорядочив центры в крупномасштабном упрочнении для идентификации генов сзади важных раковых образований. Но ведущий генетик рака на этой неделе подверг сомнению, целесообразна ли эта стратегия все еще.Скептиком есть Берт Воджелштейн, сказавший на пленуме в понедельник о геномах рака на годовом собрании американской Ассоциации для Изучений рака в Вашингтоне, округ Колумбия, Фогелштайн наблюдал через все изучения, изданные с 2007, которые упорядочили примерно 21,000 кодирующих протеин генов, вовлеченных в рак, известный как рак «exome». Анализ покрыл 78 образцов опухоли, и восемь типов рака (большая часть изучений были сделаны группой Фогелштайна).

Фогелштайн также добавил эти для 22 medulloblastomas (тип опухоли головного мозга), что еще не издала его бригада.Даже на этой ранней стадии запланированного обзора — с данными всего по 100 примерам опухоли — «мы можем уже ответить на многие фундаментальные вопросы о геноме рака», сообщённый Фогелштайн. К примеру, опухоли, в большинстве случаев, имеют от 30 до 80 одно-главных мутаций, за исключением типов, занимающих меньше времени для развития, такие как лейкемия (примерно 10 мутаций). рак и Меланома легких закругляют верхний уровень (100 — 200 мутаций), в силу того, что они вызываются экологическими канцерогенными веществами, вызывающими довольно много мутаций. (Удаления и повышения додают еще пару генетических затруднений.) Фогелштайну это было похоже на схему главного примера, что не изменится весьма.

Но он собрал еще кое-какие подробности.Фогелштайн искал базы данных все мутации в генах, отысканных при жёстких раковых образованиях за прошлые 2 десятилетия; для 353 подтипов рака он придумал 130 072 мутации в 3 142 генах.

Но не все содействуют раку. Проблема заключается в том, чтобы узнать, какие мутации являются «водителями» и которые являются «пассажирами». Для выбирания водителей Фогелштайн высказал предположение, что мутации в генах-супрессорах должны были усечь протеин гена; для онкогенов он включал лишь мутации, увиденные при по крайней мере двух опухолях.

Это дистиллировало генное количество ко всего 319 потенциальным генам водителя, 286 из них подавители онкогена и 33 опухоли.Практически все эти гены попадают в 12 «главных» сигнальных дорог, сообщённый Фогелштайн.

И та картина — примерно 320 генов в 12 дорогах — вряд ли изменятся весьма, даже в то время как тысячи большего количества образцов опухоли упорядочиваются, спорил он. До сих пор рак exome проекты отыскал лишь два новых гена водителя (IDH1/2 при глиоме и FOXL1 при гранулированных опухолях). Фогелштайн предвещает, что самые новые мутации водителя будут редки; и практически все будут частью тех же 12 дорог.Может иметь больше смысла предназначаться для наркотиков на этих дорогах, чем на генах, сообщённый Фогелштайн.

Это частично, в силу того, что 90% 320 мутаций водителя являются подавителями опухоли, которые не являются добрыми целями препарата. Для рассмотрения таковой мутации, Вы должны развернуть ген, на котором это от поясницы, что тяжело сделать.Фогелштайн подвел результат методом высказывания, что рак перешел от «полного тёмного коробки» к чему-то, что «мы вправду частично понимаем». «Успокаивающаяся» часть, он сообщил, то, что он не ожидает, что будет довольно много новых генов либо генетических прорывов.

Он прикрепил собственные надежды на предотвращение смертельных случаев от рака на применении генетики для диагностирования раковых образований рано, когда они являются более поддающимися обработке.Фогелштайн не есть единственным, подвергающим сомнению мудрость дорогих проектов генома рака. (Атлас Генома Рака американского Национального Онкологического университета (TCGA), основной, стоил $375 миллионов до сих пор; это — часть интернационального консорциума генома рака, стремящегося упорядочивать 25 000 образцов опухоли за В общем итоге $1 миллиард.) Роберт Вайнберг Массачусетского технологического университета сообщил ScienceInsider, что вычисляет TCGA «деньгами вылитый вниз отверстие. При упорядочивании нескончаемый больше геномов рака не планирует говорить нам больше, чем мы уже знаем».Но генетик рака Тодд светло синий из Широкого Университета в Кембридже, Массачусетс, кто не так давно обсудил проекты генома рака с Вайнбергом по собственной природе, не соглашается.

Существует больше, чтобы быть изученным методом нахождения редких мутаций, говорит он. «Будут кое-какие пути, которые мы не знаем об этом, являются вполне новыми», говорит светло синий, и «мы не извлечём это из нескольких геномов».ОБНОВЛЕНИЕ 26.04.2010:Анна Баркер NCI и Марк Гуйер из Национального НИИ Генома человека, замечающие за Атласом Генома Рака, сообщили ScienceInsider, что они не уверенны доводом Фогелштайна, что 100 геномов опухоли достаточно для предсказания то, что будет усвоено еще из многих геномов рака. «Это — доброе мнение, и где эти должны показать его?» говорит Гуйер.

Додаёт Баркер: «Я ошеломлен, что он [Фогелштайн] сделал кое-какие из этих комментариев». Она говорит, что наличие «прочного набора образцов и прочного набора данных» уже снабжает понимание, которое не может быть подобрано из меньших изучений, таких как очерчивание клинических подтипов глиом на базе эпигенетики. «Вещь, вправду дифференцирующая этот проект от чего-либо сделанного в истории медицины сейчас, пребывает в том, что это вправду перемещает нас к количественной биологии рака», говорит Баркер.


10 Комментариев в “ОБНОВЛЕННЫЙ: геном рака вопросов о скептике проекты

  1. Conjular

    владелец черного моря)))) ахаха)))) этой доктрине геополитической роли Чёрного Моря, уже лет 60))))) она давно и безнадежно устарела)))) Тебе для справки, Тамагавки летят, если мне память не изменяет, на 2500 км)))

  2. Cerethris

    Нам навязывают такую ≈qu;гордость≈qu; нации, что хочется плеваться… Идите в _опу со своей савченкой…

Добавить комментарий