Раковые опухоли почти никогда не имеют одних и тех же генетических мутаций, и этот факт мешает научным усилиям по более точной классификации типов рака и разработке более целенаправленных и эффективных методов лечения.
В статье, опубликованной 15 сентября в расширенном онлайн-издании Nature Methods, исследователи из Калифорнийского университета в Сан-Диего предлагают новый подход, называемый сетевой стратификацией (NBS), который идентифицирует подтипы рака не по единичным мутациям отдельных пациентов. но как эти мутации влияют на общие генетические сети или системы.
"Подтипирование – это самый простой шаг к цели персонализированной медицины," сказал главный исследователь Трей Идекер, доктор философии, начальник отдела генетики Медицинской школы Калифорнийского университета в Сан-Диего и профессор кафедр медицины и биоинженерии Калифорнийского университета в Сан-Диего. "На основе данных пациентов пациенты делятся на подтипы с соответствующими видами лечения. Например, известно, что один подтип рака хорошо реагирует на лекарство A, но не на лекарство B. Без подтипов все пациенты по определению выглядят одинаково, и вы не знаете, как относиться к ним по-разному."
Недавние достижения в области знаний и технологий упростили (и удешевили) секвенирование отдельных геномов, особенно при лечении рака, который, по сути, является заболеванием генов.
Но гены "крайне неоднородный," сказал Идекер. Именно в сочетании, под влиянием других факторов, мутировавшие гены вызывают такие заболевания, как рак. Рак каждого пациента генетически уникален, что может повлиять на эффективность и результаты клинического лечения.
"Когда вы смотрите на данные пациентов на уровне генов, все выглядят по-разному," сказал Идекер. "Но когда вы смотрите на затронутые биологические сети и системы, группировки действительно появляются. Никакие гены не мутируются в одном и том же месте, но мутации появляются в одних и тех же генетических путях."
В частности, ученые изучили соматические мутации – присутствующие в опухолях, но не в здоровых тканях – в данных пациентов с раком легких, матки и яичников, составленных Атласом генома рака, текущей программой, финансируемой Национальными институтами здравоохранения, для сбора и каталогизации геномы тысяч онкологических больных.
Идекер сказал, что подход NBS имеет немедленное клиническое значение. Секвенирование генома онкологических больных быстро становится стандартной частью диагностики. По его словам, врачи могут использовать NBS, чтобы лучше подбирать лечение для подтипа рака. И, ведя хронику результатов лечения, направляя эти результаты обратно в базу данных, они могут еще больше уточнить и улучшить методы лечения рака, сделав их такими же персонализированными, как и сами люди.