В эту эру быстродействующей биологии, изучая протеины возможно невыносимо медленным: Их сложная химия и узкие 3D формы делают их тяжело для анализа. Но прорыв может ускорить вещи значительно. В работе, опубликованной онлайн сейчас Наукой, исследователи информируют о создании чипа протеина, что может проанализировать 5 800 протеинов дрожжей неожиданно. Таковой жареный картофель имел возможность оказать помощь клинической – диагностике и исследованию – методом стремительного раскрытия партнеров, с которыми взаимодействуют тысячи протеинов.
Новый чип протеина есть родным кузеном к ДНК чипам, поверхности размера почтовой марки, усеянные последовательностями нуклеиновой кислоты, которые могут отследить деятельность тысяч генов в ткани сходу. Не обращая внимания на то, что разработка ДНК чипа коммерциализируется и сейчас обширно употребляется в научно-исследовательских лабораториях, ученые приложив все возможные усилия пробовали в течение многих лет сделать подобный жареный картофель для анализа полного протеома, сбора всех протеинов в ткани либо даже организме. Но большинство жареного картофеля до сих пор может лишь проанализировать последовательность разных протеиновТот учет был сейчас уничтожен биохимиком Йельского университета Майклом Снайдером и его сотрудниками в Университете штата и Йельском университете Северная Каролина в Роли.
Для этого они сперва клонировали 5 800 генов дрожжей, засунули гены в другие дрожжевые клетки и уговорили жуков для сверхвыражения протеинов, которые они старательно очистили и собрали. Они тогда применяли сейчас стандартный робот множества ДНК для клевков последовательностей маленьких образцов каждого протеина дрожжей на стеклянном понижении микроскопа. Для обнаружения, с чем связывают протеины дрожжей они брызнули на понижение из раствора испытательных протеинов. Добавление флуоресцентной этикетки тогда выдвигает на первый замысел пятна, где испытательные протеины связали.
Применяя пару предположений этого способа, Снайдер и его сотрудники смогли скоро идентифицировать протеины, взаимодействующие с тысячами выстраиваемых протеинов дрожжей. И наряду с этим им удалось найти 33 новых протеина, связывающие кальмодулин – обширно распространенный протеин, вовлеченный в чувство протеина – и 52 кальция, связывающие phosphotidylinositides, протеины клеточной мембраны, вовлеченные в рост, дифференцирование и цитоскелетные перестановки.
«Это – мечта биохимика, чтобы быть в состоянии искать любую деятельность по всему протеому», говорит Эрик Физики, биохимик в Медицинском центре Университета Рочестера в Нью-Йорке. В надежде на осуществление большего количества мечт Снайдер начал Нью-Хейвен, находящуюся в Коннектикуте компанию называющиеся Protometrix для жареного картофеля протеина.
У него будет довольно много соревнования. Более чем дюжина компаний Сейчай участвует в гонках для коммерциализации жареного картофеля протеина, предъявляя права на развивающийся рынок, что, как оценивается, растет до $500 миллионов каждый год к 2006.