Ученые применяли шестой самый стремительный компьютер в мире для моделирования в богатых новых подробностях, как микроскопическая сотовая фабрика, названная рибосомой совершенно верно, сооружает протеины. Не обращая внимания на то, что техническое достижение уничтожило прошлый учет биологическое моделирование и произвело на исследователей чувство, эксперты по рибосоме опасаются заключений изучения.На протяжении перевода генов к протеинам молекулы, известные как РНК перемещения либо тРНК, состыковываются на протяжении второй молекулы РНК, mRNA, в рибосоме и поставляют стандартный блок аминокислоты растущему протеину. mRNA кодирует для каждой аминокислоты посредством неповторимого кодона: последовательность трех прилегающих нуклеотидов в генетическом коде.
Цель моделирования была в том, чтобы видеть, как бактериальная рибосома дифференцируется между подобными кодонами для предотвращения неточностей. Это имело возможность предложить особенно серьёзные элементы рибосомы, которые имели возможность бы быть новыми целями антибиотиков.Для занятия проблемой Лос-Аламос, вычислительный структурный биолог Кевин Сэнбонмэтсу применял Наступающее Моделирование и Вычисляющий Q машина в Лос-Аламосе Национальная Лаборатория в Нью-Мексико. Применение способа назвало молекулярную динамику, он смог моделировать, как миллионы сотрудничеств разрешают аминокислоте проводить в место на протяжении строящего протеин процесса.
Результаты предполагают, что тРНК имеет дополнительный стержень, где она держит аминокислоту. Также, думается, существует особая петля в рибосоме, через которую обязан корчиться финиш тРНК. В случае если кодон тРНК разрегулирован с mRNA – говорят, в случае если лишь два из трех битов РНК верно подобраны – тРНК имела возможность бы поразить эту петлю, когда это проходит, исследователи информируют онлайн на этой неделе в Продолжениях Национальной академии наук (PNAS).
Новые наркотики, разрушающие эти ворота в бактериальных рибосомах, могли быть действенными антибиотиками, исследователи верят.Из-за ограничений в вычислительной мощности Sanbonmatsu должен был ускорить моделирование для появления десятков миллионов времен стремительнее, чем это происходит конечно в клетке. Он признает, что получающееся моделирование есть исходя из этого лишь предложением подлинного пути, за которым подобающа направляться тРНК.
Но соавтор Симпсон Джозеф, Калифорнийский университет, Сан-Диего, биохимик, показывают на изданные опыты, поддерживающие все еще гипотетический шевелящийся танец.Результаты «без сомнений спорны», говорит биохимик Олк Ахленбек из Северо-Западного университета в Эванстоне, Иллинойс, кто редактировал газету для PNAS.
Но он говорит, что они полезны, в силу того, что они предлагают предстоящие опыты, как изучения мутации, которые имели возможность утвердить моделируемую хореографию. Учитывая не сильный места моделирования, Стэнфордский структурный биолог Джозеф Паглизи говорит, что ему жаль, что Sanbonmatsu не сосредоточился на менее сложной части рибосомы». [T] вот не просто ничто тут для понижения зубов в как экспериментатор», отмечает он.